Desconocida, aunque se produce intraútero. Moss (1959, 1975) dice que el defecto está en la base del cráneo y que las suturas se cierran secundariamente. Que la craneosinostosis es el síntoma, no la causa de la deformidad. Pero otros autores dicen que han observado algunas faciostenosis sin craneosinostosis.
Las monosuturarias no tienen un patrón hereditario. Las polisuturarias pueden seguir un patrón hereditario autosómico dominante o recesivo.
Cuando a la etiología, pueden caber dentro de unos cuadros malformativos sindrómico genéticos (el 10-20% de las craneosinostosis), metabolopatías, contacto con teratógenos (hidantoína) o posibles constricciones intrauterinas.
En la gran mayoría de los casos, la causa es desconocida. Experimentalmente se ha comprobado que la inmovilización de una sutura termina en su fusión (Napper y Kokich, 1983).
Algunos autores han demostrado la compresión intrauterina de la cabeza del feto como factor de riesgo (Graham, 1980) que provoca la craneosinostosis sagital, la coronal y la metópica. Esto pasa más en niños que en niñas. En estos casos no hay anomalías acompañantes ni otros casos familiares.
La plagiocefalia por constricción intrauterino es también más frecuente en niños que en niñas, siendo más frecuente en el lado derecho que en el izquierdo y esto puede explicarse porque la presentación de vértice se hace más frecuentemente en posición occipital transversa izquierda con la sutura coronal izquierda contra la sacra.
Si la cabeza fetal se encaja precozmente y se mantiene en esta posición, la sutura coronal derecha puede ser mucho más apretada que la izquierda. Unos investigadores han producido in utero la craneosinostosis en animales retrasando el nacimiento en ratas por cierre del cuello. Seguramente hay una probable etiología multifactorial y hay una presencia familiar de otros casos (desde 2 hasta 9.2% de las escafocefalias; 27% de las braquicefalias y plagiocefalias; 26% de las oxicefalias; 15% de las suturas complejas), cosa que indica la concomitancia de factores genéticos.